تقع منطقة الحدود الشمالية في أقصى الشمال الشرقي للمملكة العربية السعودية، وقد اكتسبت المنطقة أهميتها من مشروع خط الأنابيب العابر للبلاد العربية (التابلاين)، الذي يعود تاريخه إلى أواخر الأربعينات من القرن الماضي، وقد نفذته كبريات شركات النفط العالمية بشراكة ضَمَّتْ 'أرامكو' السعودية، إلى جانب شركات "إسو"، و'"يفرون"، و"تكستاكو"، و"موبيل". وبموجب تلك الشراكة تأسست شركة التابلاين، التي أخذت على عاتقها بناء خط التابلاين، الذي يمتد من الخليج العربي إلى ميناء صيدا اللبناني على ساحل البحر الأبيض المتوسط. وقد استلزم إنشاء خط التابلاين، بطول 1,664 كلم، وجود محطات لضخ النفط على طول هذا الخط.

تتمتع جامعة الحدود الشمالية بموقعها الجغرافي الفريد الذي تبوأته بميدان التعليم العالي بالمملكة العربية السعودية كَوْنُهَا الجامعةَ الوحيدةَ بمنطقة الحدود الشمالية في شمال المملكة العربية السعودية، ولهذا تحمل الجامعة اسم هذه المنطقة الغالية من مناطق المملكة. وتستفيد في بناء خططها من قيم المنطقة الغنية، وثقافتها، وتاريخها، وموقعها. كما تنسجم خطتنا الإستراتيجية للأعوام 2020- 2025  مع ما تزخر به المنطقة من موارد طبيعية، وتتفق أيضاً مع رؤية المملكة 2030، و مع نظام الجامعات الجديد مسترشدة بالأولويات الإستراتيجية لإمارة منطقة الحدود الشمالية.​

يعود تاريخ تأسيس جامعة الحدود الشمالية إلى عام 1402هـ، حيث تأسست حينها الكلية المتوسطة للبنات، وكانت بمثابة النواة لهذا الصرح الحالي. و في عام 1408هـ تحولت الكلية المتوسطة للبنات إلى كلية للمعلمين، وتزامن ذلك مع منحها أول درجة بكالوريوس. وفي عام 1426هـ تم تأسيس كلية للعلوم بعرعر، وكلية للمجتمع برفحاء ليكونا فرعين تابعين لجامعة الملك عبد العزيز.